Dari sekitar tahun 1602 suatu kongsi dagang dari Belanda secara bertahap menjadi penguasa di Nusantara yang kini bernama Indonesia dan mengambil keuntungan dari persaingan antara kerajaan-kerajaanl yang sudah ada di Nusantara.
Kerajaan-kerajaan ini mengambil dominasi dengan menggantikan kekuasaan Majapahit yang sudah runtuh. Belanda memerintah Indonesia selama hampir 350 tahun, dari 1602 hingga 1945. Walaupun, hal ini masih diperdepatkan seberapa lama Belanda menajah Indonesia.
Kongsi dagang dari Belanda tersebut menjadikan daerah Hindia Belanda nama yang mereka berikan untuk menyebut Nusantara sebagai salah satu kekuatan kolonial terkaya di dunia.
Pada abad ke-17 dan ke-18, Hindia Belanda tidak langsung dikuasai oleh pemerintah Belanda tetapi di bawah kendali perusahaan dagang bernama Dutch East India Company (Bahasa Belanda: Verenigde Oostindische Compagnie atau VOC).
VOC diberikan hak monopoli atas perdagangan dan kegiatan kolonial di wilayah tersebut oleh Parlemen Belanda pada tahun 1602. Markas besarnya terletak di Batavia, yang sekarang menjadi Jakarta.
Tujuan utama dari VOC adalah mempertahankan segala jenis monopoli perdagangan rempah-rempah di Nusantara. Ini dicapai melalui penggunaan dan ancaman kekerasan terhadap penduduk pulau-pulau penghasil rempah-rempah dan terhadap orang-orang non-Belanda yang berusaha berbisnis dengan penduduk Nusantara.
Misalnya, ketika penduduk Kepulauan Banda terus menjual biji pala ke pedagang Inggris, pasukan Belanda membunuh atau mengusir hampir seluruh penduduk dan kemudian menetap di pulau itu dengan pelayan atau budak yang bekerja di perkebunan pala.
Selama waktu ini VOC terlibat dalam politik internal Jawa dan berpartisipasi dalam beberapa perang yang melibatkan para pemimpin Mataram dan Banten.
