Pada akhirnya Naruto lebih memilih Hinata daripada Sakura untuk menjadi pendamping hidupnya, meskipun semenjak mengenal mereka berdua di akademi ninja Konoha, Naruto lebih mengidolakan Sakura daripada Hinata. Kisah percintaan Naruto dan Hinata ini diceritakan melalui serial Naruto The Movie terakhir dengan judul “The Last”. Dalam serial tersebut diceritakan Naruto yang berbeda, Naruto yang awalnya dibenci oleh penduduk desa menjadi diidolakan semua orang. Penggemar Naruto tidak hanya berasal dari desa Konoha saja. Gadis-gadis dari luar desa pun berebut untuk bertemu dengannya.
Dalam serial The Last Naruto The Movie ini diceritakan Hanabi diculik oleh Toneri salah satu keturunan Hamura Ototsuki. Hanabi sendiri merupakan adik dari Hinata. Setelah penculikan tersebut kemudian Kakashi yang menjadi Hokage menugaskan Naruto, Sakura, Hinata, Sai dan Shikamaru untuk mencari Hanabi. Selain tugas pencarian Hanabi tersebut mereka juga ditugaskan untuk menyelamatkan bumi yang akan bertabrakan dengan bulan. Kakashi berpendapat bahwa penculikan Hanabi ada hubungannya dengan bulan yang akan menabrak bumi.
Sepanjang cerita dalam serial ini lebih banyak menceritakan perjuangan Hinata dalam mencintai Naruto semenjak ia kecil. Salah satu penyebab awal Hinata jatuh cinta adalah ketika beberapa anak nakal mengganggunya ketika ia kecil. Kemudian Naruto menolongnya, meski kemudian babak belur dihajar oleh anak-anak nakal itu. Dalam kejadian itu, anak-anak nakal tersebut juga merusak syal berwarna merah yang dimiliki . Kemudian Hinata berniat mengganti syal tersebut dengan membuatnya sendiri.
Hinata membuat syal tersebut begitu lama. Setiap hari ia merajut, mulai dari sebelum Hanabi diculik hingga dalam perjalanan misi mencari Hanabi. Dalam misi tersebut Naruto hendak membalas cinta Hinata ini setelah ia sadar Hinata begitu mencintainya. Namun sebelum semua itu terjadi, Toneri telah terlebih dahulu membawa Hinata untuk dinikahi. Namun begitu, dengan dorongan dari Sakura dan teman-teman lainnya, Naruto kemudian melanjutkan misi dan berhasil menolong Hanabi dan Hinata.
Pilihan Naruto yang lebih memilih Hinata ini tentu bukan tanpa alasan. Ada alasan yang kuat kenapa Naruto lebih memilih Hinata daripada Sakura. Alasan-alasan Naruto itu diantaranya sebagai berikut :
Naruto sadar jika Hinata begitu mencintainya dengan tulus
Pada saat berada di lorong menuju bulan, Naruto terjebak dalam sebuah gelembung genjutsu yang dipasang musuh. Dalam genjutsu tersebut ia kemudian berada dalam masa kecilnya disebuah kelas. Dalam kelas tersebut, guru Iruka memberi tugas menulis nama orang yang akan hidup bersamanya jika besok bulan jatuh ke bumi. Kemudian Naruto melihat dirinya menjawab dengan candaan bahwa bulan jatuh ke bumi adalah sesuatu hal yang mustahil terjadi. Disisi lain ia juga melihat Hinata menuliskan namannya. Dari situ Naruto menjadi paham dan sadar bahwa Hinata mencintainnya semenjak ia kecil.
Sakura lebih mencintai Sasuke
Meskipun pada salah satu seri Sakura pernah menyatakan cinta kepada naruto, namun semua itu hanya kebohongan dari Sakura. Waktu itu Sakura hanya ingin Naruto tidak lagi mengingat Sasuke, karena semua teman-temannya menginginkan Sasuke mati. Dan pada saat itu Sakura berniat untuk membunuh Sasuke seorang diri. Namun Naruto paham benar jika hanya Sasuke yang di cintai Sakura.
Hinata rela berkorban demi Naruto
Pada saat pertempuran melawan Pain, Naruto hampir saja dikalahkan oleh Pain. Seluruh tubuhnya sudah ditusuk oleh batangan hitam yang menjadi senjata Pain. Kemudian dengan begitu berani Hinata menuju ke tempat pertempuran. Namun, karena kekuatan Hinata tak sebanding dengan Pain, dalam waktu singkat ia dikalahkan oleh Pain. Ia hampir saja terbunuh, namun kemudian Naruto berubah menjadi Kyuubi dan melawan Pain. Pada waktu itu Hinata sempat mengungkapkan rasa cintanya kepada Naruto.
Pesan dari Neji kepada Naruto dan Hinata agar saling menjaga
Neji merupakan kakak sepupu Hinata yang pada ujian chunin menjadi lawan bertempur Naruto. Neji merupakan salah satu ninja yang paling jenius, sehingga pada saat melawan Naruto ia diunggulkan untuk menang. Namun karena kesombongan Neji dan semangat pantang menyerah Naruto, Neji dikalahkan dalam pertempuran tersebut. Semenjak pertempuran tersebut Neji menjadi sadar akan pentingnya semangat pantang menyerah dan mengakui kehebatan Naruto. Pesan untuk Naruto dan Hinata disampaikan sesaat sebelum kematiannya di perang dunia ninja ke-empat. Waktu itu ia melindungi Naruto dan Hinata dari serangan kayu tajam dari Uciha Obito.
Hinata tak kalah cantik dengan Sakura
Secara kecantikan wajah Hinata sepertinya kalah cantik oleh Sakura sewaktu kecil. Namun ketika telah dewasa, kecantikan Hinata sebanding dengan kecantikan Sakura, atau bahkan bisa dikatakan lebih cantik.
Pernikahan Naruto dan Hinata diceritakan pada episode terakhir, dengan beberapa episode sebelumnya yang digambarkan menjadi persiapan pernikahan Naruto dan Hinata. Kakashi yang menjadi Hokage harus berfikir keras untuk ikut mempersiapkan pernikahan tersebut. Kakashi kebingungan soal penjadwalan penjaga, karena semua ninja harus mengikuti acara pernikahan Naruto. Namun kebingungan itu kemudian sirna setelah negara-negara lain siap membantu untuk melakukan penjagaan.
Setelah menikah, Naruto dan Hinata dikaruniai dua orang anak, Boruto dan Himawari. Kemudian Boruto menjadi peran utama pada kisah kelanjutan dari Naruto ini, dengan serial yang berjudul “Boruto”. Serial tersebut hingga saat ini masih berjalan.